Un salarié en arrêt maladie peut être licencié, jamais à cause de sa maladie

L’idée qu’un salarié en arrêt de travail serait intouchable est répandue, et fausse. Celle selon laquelle l’arrêt serait sans incidence sur le licenciement l’est tout autant. Le code du travail distingue deux régimes selon l’origine de l’arrêt, et à l’intérieur de chacun un motif interdit et des motifs admis sous conditions. La qualification de départ commande tout le reste.

Le motif interdit dans tous les cas

L’article L1132-1 du code du travail interdit toute mesure discriminatoire, notamment en matière de licenciement, fondée sur l’état de santé du salarié. Un licenciement motivé par la maladie elle-même, ou par le simple fait d’être en arrêt, est nul en application de l’article L1132-4.

La nullité n’est pas une variante du licenciement sans cause réelle et sérieuse. Elle ouvre droit à la réintégration si le salarié la demande et, à défaut, à une indemnité qui échappe au barème de l’article L1235-3 et ne peut être inférieure aux salaires des six derniers mois (article L1235-3-1). C’est pourquoi la rédaction de la lettre de licenciement compte autant : un motif qui mentionne l’absence ou la maladie sans la rattacher à un motif objectif distinct constitue en lui-même un indice de discrimination.

L’arrêt pour maladie non professionnelle

Pendant un arrêt pour maladie ou accident d’origine non professionnelle, le contrat est suspendu, mais l’employeur conserve la faculté de licencier pour un motif étranger à l’état de santé. Trois motifs se rencontrent.

La faute. Un comportement fautif antérieur à l’arrêt, découvert ou poursuivi pendant celui-ci, peut fonder un licenciement disciplinaire, dans le respect du délai de prescription de deux mois des faits fautifs. Pendant l’arrêt, le salarié reste tenu d’une obligation de loyauté ; la jurisprudence ne considère toutefois pas toute activité exercée pendant l’arrêt comme fautive, et exige en principe que l’activité cause un préjudice à l’employeur.

Le motif économique. La suppression du poste pour un motif économique réel reste possible, avec l’ensemble des obligations propres à ce licenciement, reclassement et critères d’ordre compris.

La perturbation du fonctionnement de l’entreprise. C’est le motif le plus encadré. La jurisprudence admet le licenciement d’un salarié dont l’absence prolongée ou les absences répétées perturbent le fonctionnement de l’entreprise, à la condition cumulative que cette perturbation rende nécessaire son remplacement définitif, c’est-à-dire par une embauche en contrat à durée indéterminée, intervenue à une date proche du licenciement ou dans un délai raisonnable après celui-ci. Un remplacement par CDD, par intérim ou par répartition des tâches entre collègues ne remplit pas cette condition.

La convention collective ajoute souvent une garantie d’emploi pendant une durée déterminée d’arrêt, avant laquelle aucun licenciement pour perturbation ne peut intervenir. Cette clause se vérifie avant tout le reste.

L’arrêt consécutif à un accident du travail ou à une maladie professionnelle

Le régime change de nature. L’article L1226-9 dispose qu’au cours des périodes de suspension consécutives à un accident du travail ou à une maladie professionnelle, l’employeur ne peut rompre le contrat que s’il justifie :

• soit d’une faute grave de l’intéressé ;
• soit de son impossibilité de maintenir le contrat pour un motif étranger à l’accident ou à la maladie.

Le licenciement pour perturbation du fonctionnement et le licenciement pour faute simple sont donc exclus. L’impossibilité de maintenir le contrat est appréciée strictement : un motif économique ne suffit pas en soi, il faut démontrer que ce motif rend impossible le maintien du contrat de ce salarié en particulier.

Toute rupture prononcée en méconnaissance de ces règles est nulle (article L1226-13).

Origine de l’arrêt	Faute simple	Faute grave	Motif économique	Perturbation et remplacement définitif
Non professionnelle	Possible	Possible	Possible	Possible sous conditions
Accident du travail, maladie professionnelle	Exclue	Possible	Seulement si impossibilité de maintenir le contrat	Exclue

La protection s’attache à l’origine professionnelle telle que l’employeur la connaît. Lorsqu’une déclaration d’accident du travail ou une demande de reconnaissance de maladie professionnelle est en cours d’instruction, l’employeur informé de cette démarche applique par prudence le régime protecteur, la décision de la caisse n’étant pas le seul critère retenu par le juge prud’homal.

La contre-visite n’est pas un motif de licenciement

L’employeur qui verse un complément de salaire pendant l’arrêt de travail, en application de la loi ou de la convention collective, peut faire procéder à une contre-visite médicale pour vérifier que l’arrêt est justifié (article L1226-1 et textes réglementaires d’application). Les conditions d’organisation de cette contre-visite ont été précisées par voie réglementaire en 2024 et se lisent dans leur version en vigueur.

Son résultat produit des effets limités. Un avis concluant que l’arrêt n’est pas justifié permet de suspendre le versement du complément employeur et, par la transmission à la caisse, peut conduire à un réexamen des indemnités journalières. Il ne transforme pas l’absence en faute : le licenciement d’un salarié au seul motif d’une contre-visite défavorable s’expose à la qualification de mesure liée à l’état de santé.

La procédure pendant l’arrêt

Les règles de procédure du licenciement pour motif personnel s’appliquent sans aménagement : convocation, délai de cinq jours ouvrables, entretien, délai avant notification. Leur déroulé complet figure dans la note sur la procédure de licenciement pour motif personnel.

L’arrêt de travail ne fait pas obstacle à la convocation. Le salarié qui ne se présente pas à l’entretien en raison de son état de santé ne bloque pas la procédure ; il peut demander un report, que l’employeur n’est en principe pas tenu d’accorder. En matière disciplinaire, un report accordé à la demande du salarié décale le point de départ du délai d’un mois pour notifier la sanction, ce qui n’est pas le cas d’un report décidé par l’employeur seul.

Le préavis d’un salarié toujours en arrêt

Lorsque le licenciement d’un salarié en arrêt pour maladie non professionnelle est notifié, le préavis commence à courir, mais le salarié ne peut pas l’exécuter. La jurisprudence en déduit que l’indemnité compensatrice de préavis n’est en principe pas due, puisque l’inexécution ne résulte pas d’une décision de l’employeur. Deux exceptions notables : la convention collective qui prévoit un maintien, et le licenciement ultérieurement jugé sans cause réelle et sérieuse ou nul, qui ouvre droit à l’indemnité.

L’indemnité de licenciement, en revanche, reste due dans les conditions ordinaires, sauf faute grave. Le salaire de référence se calcule sur les mois qui précèdent l’arrêt lorsque ceux de la période de référence sont affectés par une rémunération réduite.

Trois vérifications préalables

• L’origine de l’arrêt est-elle connue, déclarée ou en cours de reconnaissance ?
• La convention collective prévoit-elle une garantie d’emploi pendant la maladie ?
• La lettre énonce-t-elle un motif objectif distinct de l’état de santé, établi par des pièces antérieures ou indépendantes de l’arrêt ?

Les autres modes de sortie, dont la rupture d’un commun accord et la procédure d’inaptitude, sont présentés dans la note sur le choix du mode de rupture.

Où vérifier

L’interdiction de discrimination fondée sur l’état de santé figure aux articles L1132-1 et L1132-4 du code du travail ; la protection pendant la suspension consécutive à un accident du travail ou à une maladie professionnelle aux articles L1226-7 à L1226-13 ; la nullité et son indemnisation à l’article L1235-3-1. Textes et jurisprudence de la chambre sociale sur Légifrance.

Le ministère du travail publie des fiches sur la suspension du contrat et le licenciement sur travail-emploi.gouv.fr ; les étapes côté employeur sont également décrites sur service-public.fr.

Informations à jour au 14 septembre 2026. Les conditions du licenciement pour perturbation du fonctionnement de l’entreprise sont d’origine jurisprudentielle et les garanties d’emploi dépendent de la convention collective : ni l’une ni l’autre ne se lisent dans le seul code.